當患者患有涉及頸部食管的已知腫瘤或涉及頸部食管或下咽部的其他可糾正的粘膜疾病時，禁止使用環咽肌切開術。對于經歷頭頸癌放射治療的患者，環咽肌切開術也相對禁忌，因為環咽可能是纖維化的，并且在切片時不易釋放。其他作者認為，對于進行性神經系統疾病如延髓麻痹的患者，環咽肌切開術相對禁忌。

傳統上，環咽肌切開術被認為在眼咽肌營養不良的情況下提供有限的成功。然而，最近的數據表明，手術后數年可以有效，3年內可以接受復發性吞咽困難的可接受率。 最后，在顯著的胃食管反流病（GERD）的情況下，環咽肌切開術也可能是相對禁忌的。雖然這是有爭議的，但是大量反流可能使患者易患重大的咽喉炎和隨后的發音困難。