目前，關于MIE的使用沒有標準化的禁忌癥。然而，T4病變（周圍組織的侵入）通常不適合任何形式的手術切除。廣泛的淋巴結疾病和轉移性疾病也是晚期階段，可能需要采用開放手術方法或甚至內鏡支架進行姑息治療，而不是嘗試MIE。此外，任何患有橋接食管胃交界處的病變的患者可能不被認為是該方法的候選者，除非可以清除胃邊緣并且可以通過開放途徑或微創進行食管胃切除術。

與其他腹腔鏡手術一樣，在腹部或胸壁上有廣泛粘連和瘢痕組織的患者，特別是在放置胸腔鏡或腹腔鏡的區域，是MIE治療的高風險組。老年患者和患有合并癥的患者不適合手術，因為MIE或標準手術的發病率很高，但他們可能從非手術治療中獲益更多。