經支氣管活檢的主要并發癥是氣胸和出血。

經歷經支氣管活檢的患者中1-6％發生氣胸。一項對350例病例的前瞻性研究顯示，手術后胸片不是常規必需的并且氣胸的大小與癥狀相關。氣胸很罕見，但可能需要豬尾導管進行再擴張。

輕微出血，用支氣管鏡觀察通常是成功的。避免在活組織檢查區域附近抽吸，以免吸走血液凝塊。這種類型的出血通常是自限性的。

大量肺出血可能發展成災難。在2-9％的患者中觀察到顯著的出血。出血風險是獲得更多或更大活檢樣本的主要限制因素。通常用于控制程序性出血的技術之一是楔形技術，首先由Zavala在1976年描述。 在該技術中，將支氣管鏡楔入適當的節段性支氣管中，并連續抽吸血液以避免污染。

另一種策略涉及從感興趣的節段移除支氣管鏡并抽吸血液以維持呼吸道通暢。控制出血的其他選擇包括給予冰鎮鹽水，滴注20mL 1：20,000腎上腺素，使患者放置肺部出血，最后放置支氣管阻滯劑。

釹：釔鋁石榴石（Nd：YAG）激光器，尤其是氬等離子體凝固（例如，27J，0.5流量）可用于止血。

通過單腔插管和支氣管球囊阻滯器定位出血肺可能非常有幫助。避免雙腔插管; 在緊急情況下難以插入，并且腔室通常太小而無法有效抽吸。

已報道的罕見并發癥包括縱隔和皮下氣腫。