經(jīng)支氣管活檢用于腫瘤疾病，疑似結(jié)節(jié)病或過敏性肺炎，間質(zhì)性肺病，肺部感染，肺部疾病異常和不明確以及肺移植。

經(jīng)支氣管活檢通常用于確定肺結(jié)節(jié)和腫塊的病因。當(dāng)結(jié)節(jié)大于2cm時，當(dāng)在胸部CT上發(fā)現(xiàn)導(dǎo)致結(jié)節(jié)的支氣管存在（支氣管陽性體征）時，以及當(dāng)組織被重復(fù)采樣時，其診斷準(zhǔn)確性增加。經(jīng)支氣管肺泡癌和淋巴管擴散的經(jīng)支氣管活檢的產(chǎn)率也很高。

通過在專用的低劑量方案中將柔性支氣管鏡檢查與CT引導(dǎo)相結(jié)合，可以顯著提高該手術(shù)的診斷率（至73％）。 在另一項研究中，多層螺旋CT引導(dǎo)下經(jīng)支氣管活檢對孤立性肺結(jié)節(jié)的敏感性為62.2％，而透視引導(dǎo)下為52.6％。 然而，這種技術(shù)不具有成本效益，并且沒有經(jīng)常使用。

經(jīng)支氣管活檢對于異常肺部疾病（例如常見的間質(zhì)性肺炎）可能不可靠。 但是，它具有用于結(jié)節(jié)病高診斷率：靈敏度范圍為50％至85％的在階段1疾病和較高如果實質(zhì)參與。至少需要4-6次活檢才能最佳診斷結(jié)節(jié)病。經(jīng)  支氣管活檢在診斷肺泡蛋白沉積癥，朗格漢斯細(xì)胞組織細(xì)胞增生癥，嗜酸性粒細(xì)胞性肺炎，類脂肺炎，藥物性肺炎和各種肺病方面也具有高度敏感性  。

經(jīng)支氣管活檢適用于免疫功能低下患者的肺部感染診斷。雖然大多數(shù)肺部感染可通過支氣管肺泡灌洗來診斷，但經(jīng)支氣管活檢可提高診斷率并排除非傳染性原因。特別是，經(jīng)支氣管活組織檢查增加了 癌癥患者，骨髓移植受者和接受免疫抑制藥物的患者的肺孢子蟲（卡氏肺孢子蟲）肺炎的診斷率  。

經(jīng)支氣管活檢用于肺移植中同種異體移植排斥的診斷  。

EBUS引導(dǎo)的針吸引越來越多地用于診斷結(jié)節(jié)病。Cryobiopsy用于間質(zhì)性肺病（例如，疑似肺纖維化）。Ussavarungsi等人的回顧性分析發(fā)現(xiàn)經(jīng)支氣管冷凍活檢在彌漫性實質(zhì)性肺病的情況下具有51％的診斷率。