腹腔鏡抗反流手術的禁忌癥包括：

外科醫生缺乏經驗

無法忍受 全身麻醉

無法忍受剖腹手術

晚期心肺疾病

不可糾正的凝血功能障礙

門脈高壓癥

相對禁忌癥包括先前的上腹部手術和嚴重縮短的食道。由于高失敗率，病態肥胖患者（體重指數[BMI]> 35 kg / m 2）應避免應用胃底折疊術（開腹或腹腔鏡）。這些患者應考慮胃旁路術，而不是胃底折疊術。患有賁門失弛緩癥等食管運動障礙的患者也應避免使用Nissen胃底折疊術。