腹腔鏡Nissen胃底折疊術后的并發癥與等效開放手術后的并發癥相似。

腹腔鏡Nissen胃底折疊術后的死亡率極為罕見。手術后，患者通常會出現腹部飽脹，輕度吞咽困難，甚至餐后不適。這些癥狀與胃底折疊術中的水腫形成一致。這通常會在2-6周內解決。大多數外科醫生在術后使用液體飲食來幫助患有這種常見的短暫性吞咽困難的患者。可能發生氣胸或手術性肺氣腫，并且可能與過度的裂孔剝離有關。

如果術后即刻出現嚴重的術后疼痛，頑固性嘔吐，發熱，心動過速或白細胞增多，則應懷疑食管或胃部穿孔。胃底折疊的中斷也可能導致類似的癥狀。急性食管疝是一種罕見的并發癥。應立即獲得上消化道（GI）系列。

周圍結構（例如，迷走神經，脾臟或其他腹部內臟）的損傷是可能的。還描述了出血，腸梗阻，尿潴留，傷口感染和裂開。