腦室 - 心房分流術的并發癥可能包括以下內容：

• 分流誘導的免疫復合物腎小球腎炎 - 表皮葡萄球菌的慢性分流感染 可能導致腎小球免疫復合物沉積，引起嚴重的腎小球腎炎; 這種損傷通常立即響應分流的外化和適當的抗生素治療

• 微栓子引起的肺動脈高壓 - 心房內的導管可能導致慢性微栓塞，從而導致肺動脈高壓

• 心內膜炎

• 傷口/腦脊液分流感染  - 腦脊液分流感染率有所不同，但通常報告約為5-8％; CSF分流感染需要在抗生素治療感染期間切除分流器并放置外部心室引流管

• 超出分流 - 隨著患有腦室分流術的孩子的增長，分流器將慢慢退出心房，這一過程可能導致分流功能障礙

• 心電圖不穩定

• 分流器故障 - 所有分流器在插入或翻修后的前兩年內容易發生故障，發生率為40％; 患者及其家屬應該意識到這一點，并在發生時采取適當的措施

• 遲發性顱內出血 

SVC血栓形成是室性心房分流術的罕見并發癥。靜脈導管的肌內移植也很少見，但已有報道。