與所有腎結石手術一樣，可能發生尿路感染或腎盂腎炎。腎周膿腫可能需要經皮引流。保留的碎石，輸尿管/腎盂瘢痕和梗阻是可能需要額外開放或內窺鏡泌尿外科手術的可能性。

與任何手術一樣，肺不張是結石手術最常見的并發癥。積極的激勵肺量計和患者走動有助于治療這種情況。一些患者提倡短暫的過度通氣，術后立即進行劇烈肺擴張，同時患者仰臥并且在拔管前。

由于肋間神經損傷和筋膜閉合破壞引起的側腹疝/松弛通常是良性的，但對患者來說非常麻煩。這種修復很難獲得足夠的美容效果。據報道，用于閉合腎盂切口的縫合線上形成石頭。

其他并發癥包括尿漏或尿路，尿瘺（皮膚或腸道），出血，動靜脈畸形，假性動脈瘤和胸膜/肺部氣胸損傷。收集系統和皮膚之間的尿漏和瘺管的絕大多數病例可以用輸尿管支架治療; 如果在確認泄漏時未放置或已經移除術中引流管，則可能需要經皮放置腎周圍引流管。還可能需要留置尿道導管以使來自瘺管的流動轉向并使其密封。

通常可以保守治療并監測由于醫源性胸膜損傷而沒有呼吸窘迫的小氣胸。較大的氣袋可以通過抽吸或胸管進行治療。如果還存在肺損傷，胸管應該是最初的治療方法。

有時可以用支架，尿道留置導尿管，腸道休息和腸外營養來治療腸瘺。如果瘺管對這種保守治療沒有反應，則可能需要手術修復和可能的腎切除術和/或腸切除術。

出血，動靜脈畸形和假性動脈瘤可能是嚴重的問題，可能需要栓塞，緊急手術干預，輸血，可能的腎臟損失，甚至在極端情況下的生命損失。