幽門成形術最常作為胃引流術進行，其對于消化性潰瘍病  （PUD）的迷走神經切斷術是輔助的。（截短和選擇性迷走神經切斷術使幽門去幽門并需要幽門引流;高度選擇性迷走神經切斷術可以避免幽門，并且不需要引流程序。）隨著H2受體解剖學家（H2RAs）和質子泵抑制劑（PPIs）的出現，選擇適應癥然而，PUD手術減少了。

另外，幽門成形術可以作為十二指腸潰瘍出血的外科手術控制的第一步，并且很少用于穿孔的十二指腸潰瘍。

幽門成形術也作為食管切除術和近端胃切除術中無意中迷走神經切斷術的輔助手段。然而，幽門成形術作為接受食管切除術的患者無意中迷走神經切斷術的輔助手段受到質疑，并且一些外科醫生不執行它。 幽門內窺鏡球囊擴張是外科幽門成形的替代方案。

罕見適應癥包括嬰兒幽門閉鎖和老年患者胃輕癱。Mancini等人的一項回顧性研究發現，幽門成形術對于治療難治性胃輕癱非常有效。

在選擇性情況下，首先進行迷走神經切斷術，然后進行幽門成形術。在緊急情況下（出血和穿孔），首先處理幽門，然后進行迷走神經切斷術。