許多研究證實，RFA是一種風險相對較低的手術，發病率和死亡率較低。很少有并發癥與RFA有關。

許多因素被認為與引起嚴重并發癥有關; 這些因素包括腫瘤大小，消融時間，電極類型（單個或簇）和操作員經驗。來自意大利的一項包括41個中心的大型研究顯示，RF會話數量的增加與較高的主要并發癥發生率有關，與腫瘤大小或電極類型無顯著相關性。

患者在手術后可立即感到不適; 這通常可以通過簡單的鎮痛來解決。作為后發綜合征的一部分，患者也可能經歷延遲疼痛。

Postablation綜合征是實體腹部腫瘤RFA后的常見現象，約占三分之一的患者。后發綜合癥的癥狀是流感，包括低燒，延遲疼痛，不適，肌痛，惡心和嘔吐。在手術前應告知患者后坐位綜合征及其自限性。大多數患者應該能夠在7-10天內恢復正常活動。

其他并發癥的發生率低于5％。可能的并發癥包括：

肩部疼痛

膽囊炎（幾周后通常會消退）

膽管損傷，導致膽道梗阻

腸道受損

流血的

囊腫血腫

腹腔積血

氣胸

血胸/胸水

胸腔積液

腹腔內出血或 腹水

膽道出血

感染和 門靜脈血栓形成

肝膿腫

針道播種 - 這被認為是RFA的長期并發癥; 它主要發生在靠近肝臟表面或囊的病變中

近端重要器官的附帶損害 - RFA的可預測性質通常可預防這種并發癥

自限性皮下蜂窩織炎

Livraghi等發現3554例治療病灶中主要并發癥（如腹膜出血，腫瘤性接種，肝內膿腫和腸穿孔）的發生率為2.2％。輕微并發癥的發生率為5％，死亡率為0.3％。 Giorgio等報道了375例消融療程的研究; 0.9％的患者出現嚴重并發癥。在這項研究中，死亡率也報告為0.3％。 

研究表明，危及生命的急性肝功能衰竭可被認為是RFA罕見的可能并發癥。Postablation存活率取決于兒童分類，腫瘤多樣性和HCC的病因。研究表明，病毒性肝硬化后發生的HCC患者的預后比酒精性肝硬化后發生的HCC患者預后更差。