內窺鏡鼻竇手術的并發癥分為主要和次要類別。輕微的并發癥是鼻出血，眼眶/眶周瘀斑和肺氣腫，牙痛，粘連，嗅覺減退和狹窄。

前額凹陷的狹窄發生有三個原因：（1）過度侵襲性剝離剝離粘膜; （2）agge nasi和額細胞不完全切除，引起粘連和瘢痕形成; （3）過度切除中鼻甲。 

一些主要并發癥與未治療或侵襲性額竇炎的并發癥相似。這些包括腦膜炎和腦膿腫。其他是術中創傷的直接結果：腦脊液漏，眶內出血，復視，失明，溢淚，顱內損傷，中風，張力性氣顱，明顯鼻出血和嗅覺缺失。

眶內血腫是一種外科急癥，是一種眾所周知的乙狀結腸切除術并發癥，常常是由前篩竇動脈損傷引起的。患者會出現眼肌麻痹，眼球突出和瞳孔大小的變化。疑似眶內血腫的患者應通過切除任何鼻腔填塞物，靜脈注射類固醇和甘露醇的給藥，以及下眼瞼的側向切除和宮頸溶解的表現來進行治療。應該獲得緊急眼科咨詢。 

粘膜移植物（有或沒有肌肉或筋膜，取決于硬腦膜缺損的大小）可用于修補缺損和修復CSF泄漏; 間歇性明確鼻漏是其使用的指征。復合隔膜軟骨 - 粘膜移植物或耳甲軟骨可用于修復較大的骨缺損。