急性細菌性鼻 - 鼻竇炎常常與病毒性上呼吸道感染有關，但過敏，創傷，腫瘤，肉芽腫和炎癥性疾病，中線破壞性疾病，環境因素，牙齒感染和解剖學變異可能會損害正常的粘膜纖毛清除，也可能導致對細菌感染。

金黃色葡萄球菌是蝶竇炎的常見病原體。在美國于2000年推出的7價肺炎球菌疫苗兒童接種帶來的回收率下降肺炎鏈球菌和增加^ h流感。另外，回收率肺炎鏈球菌耐青霉素菌株是接種后不同。

銅綠假單胞菌和其他革蘭氏陰性桿已在醫源性急性鼻竇炎（特別是有鼻管或導管的患者），免疫功能低下者，HIV感染患者和囊性纖維化患者中恢復。

66％的急性鼻竇炎患者在竇吸出物上生長至少1種致病菌，而26-30％的患者有多種主要的細菌種類。最常見于急性鼻竇炎的細菌是正常鼻腔菌群的一部分。當這些細菌在優化其生長的條件下通過打噴嚏，咳嗽或直接侵入而沉積到鼻竇中時，它們可能成為鼻竇病原體。

在急性細菌性鼻 - 鼻竇炎患者中從上頜竇培養物中分離的最常見病原體包括肺炎鏈球菌，流感嗜血桿菌和卡他莫拉菌。化膿性鏈球菌，金黃色葡萄球菌和厭氧菌較少見于急性細菌性鼻竇炎; 盡管有足夠的環境可供其生長，但在不到10％的急性細菌性鼻竇炎患者中發現它們。例外是由牙科來源和患有慢性鼻竇疾病的患者引起的鼻竇炎，其中厭氧生物通常被隔離。

肺炎鏈球菌是革蘭氏陽性，過氧化氫酶陰性，兼性厭氧球菌，占成人急性細菌性鼻 - 鼻竇炎病例的20-43％。肺炎鏈球菌抗菌藥物耐藥性的上升是一個主要問題。

1998年對呼吸道分離株進行的一項監測研究估計，從鼻旁竇中獲得的12.3％的肺炎鏈球菌分離株對青霉素具有中等抗性; 37.4％的青霉素耐藥。鼻旁竇代表具有最高阻力率的解剖位置。 對大環內酯類，克林霉素，甲氧芐氨嘧啶 - 磺胺甲基異惡唑和強力霉素的耐藥性在具有中間青霉素抗性的分離株和耐青霉素的分離株中更常見。

流感嗜血桿菌是革蘭氏陰性，兼性厭氧桿菌。在廣泛使用疫苗之前，B型流感H型是腦膜炎的主要原因。不可分型的流感嗜血桿菌菌株是成人中22-35％的急性細菌性鼻 - 鼻竇炎病例的原因。β-內酰胺酶的產生是該生物體的抗微生物抗性的機制。來自鼻旁竇的分離物中，32.7％被發現為H型流感的 β-內酰胺酶陽性; 其他報告顯示率為44％。

粘膜炎莫拉氏菌是革蘭氏陰性，氧化酶陽性，有氧雙球菌。粘膜炎莫拉氏菌是成人中2-10％急性細菌性鼻 - 鼻竇炎病例的致病菌。β-內酰胺酶的產生也是粘膜炎莫拉氏菌的抗菌活性的機制。來自鼻旁竇的分離物中，98％被發現為粘膜炎莫拉氏菌的β-內酰胺酶陽性。

金黃色葡萄球菌雖然占急性細菌性鼻竇炎發作的10％，但現在被認為是急性細菌性鼻 - 鼻竇炎中越來越常見的病原體。雖然耐甲氧西林金黃色葡萄球菌（MRSA）仍然代表金黃色葡萄球菌鼻竇炎的少數發作，但耐藥性金黃色葡萄球菌的增加趨勢可能會改變未來的治療建議。 

革蘭氏陰性菌，包括銅綠假單胞菌（15.9％），大腸埃希氏菌（7.6％），奇異變形桿菌（7.2％），肺炎克雷伯菌和腸桿菌屬，在醫院鼻竇炎中占優勢，占病例的60％。在25-100％的培養物中觀察到聚合物侵入。在醫院內患者中發現的其他致病生物是革蘭氏陽性生物（31％）和真菌（8.5％）。