肝活檢結合病史和體格檢查數據，是診斷和治療肝病的有力臨床工具。根據臨床問題的類型劃分獲取活檢標本的指示如下：

評估肝臟實驗室檢查結果異常

確認診斷和預后

疑似肝臟腫瘤

診斷 膽汁淤積性肝病

評估浸潤性或肉芽腫性疾病

在一例 肝移植后評估和管理排斥反應

評估不明原因的 黃疸或疑似藥物反應

活檢標本可用于識別或排除物理或實驗室異常的可能病因。盡管各種疾病狀態可能類似地存在，但是當在臨床表現的背景下使用時存在診斷組織學模式。例如，由于酒精濫用，丙型肝炎，糖尿病，肥胖或其組合引起的疾病可能存在脂肪對肝實質的浸潤。對于每種疾病狀態，存在區分彼此的組織學線索。

肝臟活組織檢查在確定引起全身性感染的生物體中起很小作用，因為血液培養通常是顯而易見的。值得注意的例外是肝內結核和鳥分枝桿菌復合體（MAC）。

活組織檢查的另一個指征是確定活檢標本中存在的組織學變化程度。這涉及對病理學家注意到的炎癥和纖維化程度的評分系統。存在許多用于描述微觀發現的系統，范圍從簡單到復雜。大多數評分系統報告炎癥程度作為疾病的等級和作為階段的纖維化的量。這里的一個例子是在肝硬化（4期）肝臟的標本中發現中度炎癥（3級）。

第三組適應癥是監測疾病進展或治療效果。例如，肝臟活組織檢查標本經常用于評估和治療肝移植后的排斥反應。重復活組織檢查不常用于監測疾病的進展，如原發性膽汁性肝硬化，慢性丙型肝炎，或酒精性肝病。