由于支架阻塞導致的復發性黃疸或膽管炎是膽道支架術的主要限制。阻塞的主要原因是支架內腔中的膽汁污泥和組織增生，這需要每2-3個月進行一次移除和更換，有時需要更頻繁地移除和更換。在惡性疾病的情況下，腫瘤通過支架向內生長以及近端和遠端腫瘤過度生長也可引起阻塞。

正在研究覆蓋支架以克服腫瘤向內生長的問題。兩項關于用膨體聚四氟乙烯 - 氟化乙烯丙烯（ePTFE-FEP）覆蓋的支架的研究報告，12個月的通暢率高于75％。

在一項多中心回顧性研究中，對連續315例遠端惡性膽管狹窄的患者進行ERCP并放置（a）完全覆蓋的自膨式金屬支架，（b）未覆蓋的自膨式金屬支架，或（c）塑料支架作為一線治療，Sampaziotis等人發現完全覆蓋的金屬支架比其他任何一種類型的專利都更長，并且引起的并發癥更少，盡管它們與未覆蓋的金屬支架相比也有更高的胰腺炎發生率。

Sugawara等報道，對于經過Vater乳頭經皮置入金屬膽管支架治療惡性膽管狹窄的患者，急性胰腺炎的發生率為24.2％，需要進行藥物治療。