在腎上腺切除術期間可能發生對周圍結構的無意傷害。血管損傷可能與腎上腺無關的血管出血或結扎有關。鑒于腎上腺與IVC，腎血管，肝血管，脾血管和木材血管非常接近，這些結構的損傷是可能的。也可以結扎上極腎動脈分支，IVC或腸系膜血管。

對于鄰近器官的損傷也是一個問題，取決于前/胸腹部方法報告的腸損傷較多所采用的方法，但側腹和后路手術與無意的胸膜損傷有關。腹膜和腹膜后解剖學的專業知識對于預防損傷和促進術中識別此類損傷以降低發病率至關重要。此外，患者存在傷口并發癥的風險，例如擊穿，軟組織感染和開裂。

對于激素活性腫瘤，可能會出現一些并發癥，需要仔細監測和管理才能成功避免。對于醛固酮分泌性腫瘤，術后可見高鉀血癥，因為對側腎上腺的醛固酮分泌受到術前切除腺體的過度分泌的抑制。術后也可立即發現低鉀血癥。由于術前α-腎上腺素能阻滯，嗜鉻細胞瘤切除后可見低血壓。

更重要的是，腎上腺功能不全（來自下丘腦 - 垂體軸的ACTH從過量皮質醇的分泌下調）是Cushing綜合征切除的破壞性并發癥，如果不被識別，積極治療，并且預防性地防止類固醇替代。術后也可見低血糖和高血糖。