在大多數內窺鏡手術過程中可能會出現短暫的菌血癥，但感染性并發癥（包括心內膜炎）的風險很低。

當患有感染性并發癥的潛在高風險病癥（例如，假體心臟瓣膜或心內膜炎病史）的患者經歷高風險內窺鏡手術（例如，狹窄擴張，靜脈曲張硬化治療或內窺鏡逆行）時，明確建議使用抗生素預防。胰膽管造影  [ERCP]）在膽管阻塞的情況下。所有接受經皮內鏡下胃造口術（PEG）放置的患者應接受抗生素預防軟組織感染; 該方案通常包括靜脈注射頭孢唑啉1g（IV）。

應仔細審查患者的病情和手術的性質，并應對個體化抗生素預防的決定。可接受的預防方案是在手術前30分鐘以2g胃腸外氨芐青霉素和1.5mg / kg（至多80mg）的慶大霉素。在對青霉素過敏的患者中，萬古霉素1g IV代替青霉素。