EGD的禁忌癥包括：

可能的穿孔

醫學不穩定的患者

不情愿的病人

抗凝，咽憩室或頭頸部手術（相對禁忌癥）

診斷性EGD被認為是抗凝血劑患者出血的低風險程序，因此可以在手術前不進行抗凝劑調整。  然而，如果考慮或可以想象息肉切除術，那么應該對患者的凝血特征進行標準化。患有嚴重凝血異常的患者也可能存在咽后血腫的風險。

某些治療程序（即擴張，經皮內鏡下胃造口術[PEG]，息肉切除術，內鏡下括約肌切開術，EUS引導下的細針穿刺[FNA]，激光消融和凝固）被認為是出血的高風險程序，以及抗凝治療的調整可能是必要的。