賁門失弛緩癥的標志性癥狀是進行性吞咽困難，通常首先是固體，然后是液體。因為吞咽困難通常會逐漸惡化，所以在出現時通常會非常嚴重。大多數患者在診斷之前很久就會改變他們的飲食行為。由于壓力和冷液體可能會加劇吞咽困難，因此液體和固體在出現時可能同時耐受性差。

胸痛也是一種常見癥狀，患者在診斷前經常進行廣泛的心臟評估。此前，10-39％的患者因反復反流和誤吸而患有支氣管肺并發癥。現在，通過早期診斷和治療可以避免許多這些并發癥。消化不良發生在大約四分之一的病例中，盡管它通常是由食道中未經抽真空的食物發酵而不是胃食管反流引起的。

患者通常有很長的癥狀，有些超過30年。減肥是常見的，盡管通常患者改變他們的飲食足以維持體重，直到疾病變得無法忍受并且他們尋求治療。癥狀的急性發作或快速體重減輕應該是臨床醫生排除惡性腫瘤的一個危險信號。排除老年患者（> 55歲）的假性賁門失弛癥（遠端食管腫瘤引起的吞咽困難）是至關重要的，因為在癥狀持續時間較短（<6個月）或更嚴重，體重減輕的患者中排除它（> 15磅）。任何診斷有疑問的患者都應該仔細評估，包括使用內鏡超聲和計算機斷層掃描（CT）來排除假性賁門失弛緩癥。