以下是柔性乙狀結腸鏡檢查的常用指征：

篩查結腸直腸癌  -盡管當施加作為篩選工具，以減少死亡率由于結腸直腸癌乙狀結腸鏡和糞便潛血試驗是可比較的，很少有證據表明與兩種方法篩查比其他人更能減少結腸直腸癌的死亡

肛腸手術前的術前評估

在直腸或乙狀結腸中監測先前診斷（治療或未治療）的惡性腫瘤（或伴有高度不典型增生的息肉）

局部治療疾病，如放射性直腸炎

去除直腸異物

直腸和乙狀結腸中胃腸（GI）病理的活組織檢查

治療程序的執行，例如腔內支架置入狹窄，球囊擴張和減壓放置減壓管，但常規結腸鏡常用

Hematochezia需要止血