IBD的兩種主要形式（即，克羅恩病和潰瘍性結腸炎）可能涉及結腸，但是它們通常可以基于胃腸道上部受累而彼此區分。正確的診斷可以為治療決策提供信息，例如選擇對治療難治的個體進行手術而不是積極的醫療管理。

克羅恩病影響大多數人的小腸; 在30％的患者中，該疾病僅限于回腸末端。這種診斷的傳統方法涉及食管胃十二指腸鏡檢查，回腸結腸鏡檢查和放射線照相術; 與膠囊內窺鏡檢查不同，這些研究在評估空腸和近端回腸的能力方面受到限制。鋇研究對早期病變的檢測不敏感，傳統內鏡檢查僅限于遠端和近端腸。

當用于評估IBD，膠囊內窺鏡允許其它形式的內窺鏡的領域病變（例如，小腸糜爛和潰瘍）的可視化 或射線照相術 不會顯現。膠囊內窺鏡檢查可以定位和定義IBD的范圍和活動。

前瞻性研究表明膠囊內鏡可用于診斷克羅恩病（見下圖）。 在認為具有克羅恩病與小腸受累患者中，膠囊內窺鏡可以提供比灌腸更高的診斷率。 

克羅恩病，線性潰瘍。

在一項針對21例癥狀與IBD一致的小型研究中，典型的上下內窺鏡檢查結果和典型的鋇放射學檢查結果，膠囊內鏡檢查能夠檢測出43％與IBD一致的結果。

一項薈萃分析比較膠囊內鏡與其他方式的診斷率（如鋇研究，結腸鏡檢查，回腸鏡檢查，計算機斷層掃描[CT]腸造影或腸內分析，小腸磁共振成像[MRI]），發現膠囊內鏡檢查在診斷非小腸克羅恩病的復發方面具有優勢。  對于疑似克羅恩病患者的初步診斷，觀察到產量提高的趨勢，盡管差異無統計學意義。

一項薈萃分析比較膠囊內鏡，磁共振成像（MRE）和小腸腸造影超聲（SICUS）的準確性，用于檢測疑似或確診克羅恩病患者的活動性小腸炎癥，發現三種方式具有相似性診斷產量。 膠囊內鏡優于關于檢測近端小腸疾病對MRE，雖然有被認為是膠囊保持的風險。

因為確定的IBD診斷標準依賴于組織學檢查，膠囊內窺鏡檢查中可見的宏觀異常可能不足以進行明確診斷。然而，在膠囊內窺鏡檢查中可見的許多小腸病變位于具有活檢能力的工具無法可視化的區域中。