膠囊內窺鏡檢查的禁忌癥包括：

吞咽障礙

小腸梗阻

小腸狹窄

糖尿病患者或腹部大手術史需謹慎考慮。小型研究調查了心臟起搏器和植入式心臟除顫器患者的膠囊內鏡檢查的安全性。

在膠囊排出之前，患者不應進行MRI檢查。 

雖然文獻中包含一些積極的病例報告，但膠囊內鏡在兒科人群中的安全性和有效性仍有待確定。 西班牙學會兒科胃腸，肝病，和營養和西班牙學會消化系統疾病已經開發了在兒童和青少年中使用無線膠囊內窺鏡檢查的一個準則。

Urgesi等人的一項研究發現膠囊內鏡適用于70歲以上的患者。