內鏡括約肌切開術的主要適應癥包括：

提取膽總管（CBD）結石

治療乳頭狀狹窄或I型（伴有擴張型CBD的肝臟生化標志物升高）Oddi括約肌功能障礙

促進內鏡治療（例如，支架置入，組織取樣和狹窄擴張）

內鏡下括約肌切開術已與內鏡下球囊擴張聯合用于治療膽總管結石。 

內鏡下括約肌切開術已被用于治療可能歸因于III型（沒有升高的生化標志物或CBD擴張）Oddi括約肌功能障礙的膽囊切除術后腹痛。然而，EPISOD（評估Oddi功能障礙括約肌中的預測因子和干預）研究評估了103例此類患者很少或沒有膽道梗阻的客觀證據，發現在這種情況下內鏡下括約肌切開術并不比假治療好。