禁忌癥包括懷疑淋巴結(jié)或遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移的存在或高指數(shù)（見技術(shù)考慮因素）。

非提升標(biāo)志，定義為病變下粘膜下注射后病變在周圍粘膜上方升高失敗，已被確定為結(jié)腸病變粘膜下侵犯的高度準(zhǔn)確和特異性預(yù)測因子。  對于具有非提升征象和殘留或復(fù)發(fā)病變的粘膜病變，ESD通常可以切除那些EMR通常很難并且需要進(jìn)行整塊切除的病變。

在EMR之前對病變進(jìn)行活組織檢查可能由于活檢部位的纖維化而導(dǎo)致假陽性結(jié)果。由于粘膜活檢的結(jié)果不太可能改變治療算法，因此應(yīng)避免在轉(zhuǎn)診EMR之前進(jìn)行活檢。如果進(jìn)行活組織檢查，活組織檢查和EMR之間的時(shí)間間隔最小化可能有助于減少假陽性結(jié)果。

鑒于出血風(fēng)險(xiǎn)，凝血病的存在是相對禁忌癥。適用于標(biāo)準(zhǔn)內(nèi)窺鏡檢查的任何禁忌癥（例如，嚴(yán)重的心肺合并癥）也適用于EMR。