雖然并發癥并不常見，但最常見的并發癥包括撕裂，咳嗽，以及較少發生粘膜損傷繼發的鼻出血（直徑較小的范圍可以幫助緩解這一問題）。

如前所述，血管收縮劑可在喉鏡檢查之前使用，以盡量減少輕微創傷和出血。

如果相機被遮擋或示波器面臨阻力，則不應使用增加的力。

殘留的異物感，短暫的喉痙攣和血管迷走性暈厥也是潛在的并發癥。

喉痙攣是罕見的，發病率約為1％，并且通常是自限性的，但可導致去飽和和暫時性氣道阻塞。喉痙攣被認為是通過將傳入纖維激發到喉部而引起的，并且可以通過下頜推力和氣道正壓來緩解，直到消退或確定治療為止。 

雖然現有的研究表明喉鏡檢查在去除異物方面取得了很大的成功，這些結果是在經驗豐富的操作者手中實現的。那些不經常使用這種技術的人應該意識到進一步影響異物和加重氣道阻塞的潛在危險。因此，應該提供在主要氣道丟失時建立備用氣道所需的設備和人員。

對于剛性喉鏡檢查，解剖結構的損傷更常見，鼻咽鏡檢查很少見。