與任何外科手術一樣，可能出現并發癥，但由于薄針抽吸活組織檢查引起的主要并發癥相當罕見，并且當出現并發癥時，它們通常是輕微的。并發癥的種類和嚴重程度取決于從中進行活組織檢查的器官或器官通過以獲得細胞。

手術后，使用溫和鎮痛藥來控制術后疼痛。手術后48小時內不應服用阿司匹林或阿司匹林替代品（除非阿司匹林用于心臟或神經疾?。Ｓ捎谠谡麄€手術過程中保持無菌，因此感染很少見。但如果感染發生，它將用抗生素治療。出血是該手術最常見的并發癥。也可能出現輕微瘀傷。如果進行了肺部或腎臟活檢，在痰或尿液中觀察到少量血液是很常見的手術后。只會發生少量出血。在手術后的觀察期間，出血應隨時間減少。如果出現更多出血，將對其進行監測，直至其消退。很少需要大手術來止血。

其他并發癥取決于活檢發生的身體部位：

肺活檢常常并發氣胸（肺塌陷）。這種并發癥還可以伴隨肺底部上腹部的活組織檢查。大約四分之一到一半的肺活檢患者會發生氣胸。通常，崩潰程度很小，并且無需處理即可自行解決。一小部分患者會發生嚴重到足以需要住院治療并放置胸管進行治療的氣胸。雖然不可能預測這種情況會發生在誰身上，但是在患有嚴重肺氣腫的患者和難以進行活組織檢查的患者中，肺部塌陷更為頻繁且更嚴重。

對于肝活檢，膽汁可能發生泄漏，但這些都是相當罕見的。

在胰腺周圍區域進行活組織檢查后可能發生胰腺炎（胰腺炎癥）。

在乳房區域的活組織檢查中，可能會出現出血和瘀傷，也很少發生感染（很少）或（非常罕見，只有在胸壁附近進行）氣胸。

針吸活檢活檢報告死亡，但這種結果極為罕見。