懷孕被認為會增加結(jié)腸鏡檢查的風險。由于數(shù)據(jù)不足，無法在懷孕期間進行結(jié)腸鏡檢查指南。報告的最大系列包括在懷孕期間進行的八次結(jié)腸鏡檢查。在這項研究中，6名患者在結(jié)腸鏡檢查后分娩了健康嬰兒。一名患者與結(jié)腸鏡檢查無關(guān)，另一名患者選擇性流產(chǎn)。

一般而言，結(jié)腸鏡檢查可考慮用于妊娠期間嚴重危及生命的病癥，其中唯一的替代方案是結(jié)腸手術(shù)或懷疑結(jié)腸癌。該程序最好在醫(yī)院環(huán)境中進行，而不是在醫(yī)生辦公室進行。延遲監(jiān)測結(jié)腸鏡檢查以確定癌癥或息肉的早期病史，腹痛或排便習慣的變化，直至產(chǎn)后期。

結(jié)腸鏡檢查的其他相對禁忌癥包括已知或疑似結(jié)腸穿孔，中毒性巨結(jié)腸，暴發(fā)性結(jié)腸炎或潰瘍形成的嚴重炎癥性腸病; 這些情況會增加穿孔的風險。