盡管許多患者不需要結(jié)腸鏡檢查來診斷炎癥性腸病（IBD），但該程序?qū)τ跐冃越Y(jié)腸炎或克羅恩病患者的后續(xù)護(hù)理和管理是一個(gè)重要的幫助（見下圖）。在確定炎癥過程的解剖學(xué)范圍時(shí)，結(jié)腸鏡檢查比鋇灌腸更敏感，并且在臨床，乙狀結(jié)腸鏡和放射學(xué)研究不充分時(shí)是有用的。具有多個(gè)活組織檢查的結(jié)腸鏡檢查用于區(qū)分潰瘍性結(jié)腸炎和克羅恩病。

患有炎性疾病的患者的癌癥監(jiān)測(cè)時(shí)間表各不相同?；加腥Y(jié)腸炎超過7 - 10年的患者和患有左側(cè)潰瘍性結(jié)腸炎超過15年的患者患結(jié)腸癌的風(fēng)險(xiǎn)增加。目前針對(duì)這些組篩查結(jié)腸鏡檢查的建議是每1 - 2年。對(duì)于患有結(jié)腸克羅恩病的患者，需要采用相同的結(jié)腸鏡檢查計(jì)劃。

理想情況下，因?yàn)閰^(qū)分炎癥變化與癌癥前變異可能是困難的，因此在活動(dòng)性結(jié)腸炎期間不應(yīng)進(jìn)行用于監(jiān)視目的的結(jié)腸鏡檢查，并且應(yīng)首選來自炎癥較少的區(qū)域的活組織檢查。有人建議，在IBD患者的發(fā)育不良調(diào)查中，需要多達(dá)64個(gè)活組織檢查才能達(dá)到95％的敏感性。

較新的技術(shù)，包括染色內(nèi)鏡檢查，放大內(nèi)窺鏡檢查和窄帶成像，可以改善結(jié)腸鏡檢查期間發(fā)育不良的檢測(cè)，并允許內(nèi)鏡醫(yī)師采取較少但較高產(chǎn)量的活組織檢查。