在上胃腸道內窺鏡檢查期間獲得的十二指腸組織的組織學檢查是用于診斷乳糜瀉的當前標準標準。膠囊內窺鏡檢查被認為是一種替代診斷工具，因為它提供的放大倍數足以對絨毛進行成像并檢測絨毛萎縮（見下圖）。在對43名血清學和癥狀提示患有乳糜瀉的患者的研究中，Rondonotti等人使用上消化道內鏡檢查獲得的活檢結果來評估膠囊內鏡作為乳糜瀉的診斷工具。

在另一項研究中，經驗豐富的胃腸病學家審查了膠囊內窺鏡檢查結果，如扁平粘膜，馬賽克外觀和扇形十二指腸褶皺，然后將這些結果與活檢結果進行比較; 膠囊內鏡檢查的敏感性為87.5％，特異性為90.9％。

在包括17名患者的初步研究的基礎上，De Vitis等人提出膠囊內鏡檢查通過提供有關疾病并發癥（例如，糜爛性空腸炎）的數據和確認粘膜損傷的程度來補充傳統內窺鏡檢查以評估乳糜瀉。