預防與腸吻合術相關的并發癥的一個重要組成部分是術前患者醫療狀況的完整優化，包括通過營養支持糾正營養不良和治療相關的全身性疾病。然而，這通常僅在選擇性切除時可能，而不是在緊急情況下。

上面列出的最佳實踐也可以幫助預防并發癥。

在手術過程中預防體溫過低和血容量不足非常重要，尤其是兒童。熱床墊應該用于體溫調節，特別是對于新生兒。應盡量減少液體流失，并應充分更換任何流失的液體。應安排充足的血液供應。