延遲并發癥也被標記為胃切除術后綜合征。

傾倒綜合征分為早期或晚期綜合征。早期傾倒是由于對十二指腸的滲透負荷增加的快速呈現，導致流體從血管內隔室向十二指腸移位并由此導致十二指腸的高蠕動反應。臨床表現為頭暈，心悸和腹痛。

晚餐傾倒發生在飯后約2-3小時，并且歸因于胃快速排空，導致餐后高血糖，這進一步引發高胰島素血癥反應。多數患者這些癥狀對應于上述的量和進料的頻率的修改。癥狀是自限性的，自發消退是常規。

部分患者營養不良比全胃切除術后少見。由于自然代謝過程的中斷，缺鐵性貧血，缺鈣和維生素B12缺乏是突出的特征。腸外維生素B12補充劑有助于預防惡性貧血。胃切除術后體重減輕是一種不可避免的并發癥，患者需要對其發生敏感。

復發性潰瘍可能會發展。

在Billroth II之后，胃殘癌比在Billroth I重建之后更常見。胃腸反流，胃酸缺乏，細菌過度生長和  幽門螺桿菌  感染是發病機制中的主要因素。殘端癌的風險是時間依賴性的，通常在胃切除后10年或更長時間發生。患有殘端癌的患者通常在病程晚期出現晚期疾病。可操作的腫瘤需要全胃切除術和Roux-en-Y重建。這些患者的預后通常較差。

空腸的傳入或傳出環的阻塞可以具有不同的特征。輸入袢綜合征表現為強烈的腹痛期間處理大量膽汁的嘔吐緩解。在傳出環阻塞的情況下，嘔吐物由未消化的食物組成。如果阻塞持續存在且無法通過保守手段進行管理，則可能需要再次手術。