Ib，III和IV級證據表明，單純膀胱尿道鏡檢查前的抗生素預防應僅在存在UTI危險因素的情況下進行，如高齡，泌尿道解剖異常，營養不良，吸煙，長使用皮質類固醇，免疫缺陷，固定導管，共存感染和長期住院治療。

對于那些有任何這些危險因素的人，建議的抗生素預防包括單劑量的氟喹諾酮或甲氧芐氨嘧啶 - 磺胺甲惡唑。或者，可給予氨基糖苷（含或不含氨芐青霉素），第一代或第二代頭孢菌素或阿莫西林 - 克拉維酸鹽。尿培養陰性的患者和沒有任何這些危險因素的患者在膀胱尿道鏡檢查前不需要抗生素預防。

上述建議適用于簡單的膀胱尿道鏡檢查; 然而，所有計劃接受膀胱尿道鏡手術的患者都應接受抗生素預防。根據美國心臟協會（AHA），不再推薦抗生素僅用于預防與泌尿生殖器手術相關的感染性心內膜炎。