超聲掃描中使用的聲波沒有已知的風險。與其他一些掃描（例如CT掃描）不同，超聲掃描不涉及  輻射。

外部和內部超聲波掃描沒有任何副作用，通常無痛，盡管當將探頭壓在皮膚上或插入體內時您可能會感到不適。

如果您正在進行內部掃描并對乳膠過敏，請務必讓進行超聲掃描的超聲醫師或醫生知道這一點，這樣他們就可以使用無乳膠的探頭套。

內窺鏡超聲檢查可能會更不舒服，并可能引起暫時的副作用，例如喉嚨痛或腹脹。

還有較小的風險發生更嚴重的并發癥，例如內部出血。