心肌炎可能會對心臟造成嚴重損害。由于病毒或其他感染引起心肌炎，身體的免疫系統反應會造成顯著損害，某些化學物質或自身免疫性疾病也會引起心肌炎。這最終會導致心力衰竭并最終導致死亡。這些病例很少見，因為大多數患有心肌炎的患者會康復并恢復健康的心臟活動。

其他并發癥包括心律或心率問題、心臟病發作和中風。在極少數情況下，可能需要緊急心臟移植。

心肌炎也與猝死有關，高達9%的成人尸檢顯示心肌有炎癥。對于顯示心肌炎癥的年輕人的尸檢，這個數字躍升至12%。