進行膈肌起搏以在兩個主要臨床情況下提供通氣支持：

中央肺泡通氣，或者更好地稱為睡眠呼吸暫停

高脊髓麻痹，其中仍然存在呼吸驅動，但脊髓損傷阻止了膈神經的刺激

這兩種情況占隔膜起搏的大多數情況。 

另一種盡管罕見的使用膈肌起搏是治療頑固性呃逆的患者。使用膈肌起搏的其余患者組由嚴重COPD患者組成。在這些個體中，通過施用任何量的氧來減少缺氧刺激。

對于膈神經無功能的患者，禁用膈肌起搏。這些患者包括對神經有嚴重創傷性損傷的患者，有神經腫瘤的患者，以及大多數患有神經病的患者。此外，對于具有隔膜本身不起作用的病癥的患者，隔膜起搏是禁忌的。