ERCP的絕對禁忌癥包括：

患者拒絕接受手術

不穩定的心肺，神經或心血管狀態

現有腸穿孔

食管，胃或小腸的結構異?？赡苁荅RCP的相對禁忌癥。實例是獲得性病癥，例如食管狹窄，食道旁疝，食管憩室，胃扭轉，胃出口梗阻和小腸梗阻。改變的外科解剖結構，例如在用Billroth II或Roux-en-Y空腸造口術進行部分胃切除術后可見，也可能是ERCP的相對禁忌癥。

在ERCP確實被指示的情況下，在改變手術解剖結構的患者中選擇ERCP獲取的最佳方法中，有幾個因素起作用。這些因素包括長與短Roux肢體，原生乳頭與膽管吻合術，先前括約肌切開術，預期的輔助使用（例如，Oddi括約肌測壓），手術風險，重復手術的可能性以及內部疝的可能性。

Roux-en-Y解剖結構患者的不同方法包括通過解剖學路徑的十二指腸鏡，通過解剖學路徑的結腸鏡或腸鏡，單/雙氣囊腸鏡，螺旋/旋轉腸鏡，通過胃造口術或空腸造口術的ERCP，腹腔鏡輔助ERCP或膽道通過介入放射學獲得的訪問。

EUS引導的膽道通路已經描述了在天然乳頭的主要插管困難的情況下或在具有改變的外科解剖結構的適當環境中。  

急性胰腺炎的存在通常被認為是相對禁忌癥，除非胰腺炎的病因與膽結石相關并且治療目標是通過結石提取來改善臨床過程。此外，與ERCP括約肌切開術或壺腹相對禁忌凝血障礙患者（國際標準化比值（INR）> 1.5或血小板計數<50,000 /μL）。