與傳統(tǒng)的內(nèi)窺鏡活檢取樣相比，EMR的優(yōu)勢在于獲得合適的組織學(xué)標(biāo)本以分期疾病并確定進(jìn)一步治療的需要。如上所述，通過常規(guī)內(nèi)窺鏡方法獲得的活檢標(biāo)本具有有限的尺寸和深度，并且包括由組織壓縮產(chǎn)生的偽影。在活檢標(biāo)本的組織學(xué)檢查中通常不能看到粘膜內(nèi)和粘膜下癌之間的差異。EMR提供了足夠面積和深度的樣本，可以從中進(jìn)行準(zhǔn)確診斷。整體通過EMR或ESD獲得的切除術(shù)可以比側(cè)面切除術(shù)更好地評估側(cè)向邊緣。可以通過進(jìn)一步的內(nèi)窺鏡治療來控制切除區(qū)域的正側(cè)向邊緣。然而，滲透到粘膜下層的陽性，深邊緣可能是食管切除術(shù)的指征。

同樣，必須強(qiáng)調(diào)確保組織病理學(xué)分析由具有Barrett食管病理學(xué)經(jīng)驗(yàn)的專家胃腸病理學(xué)家進(jìn)行的重要性。諸如肌層粘膜重復(fù)的因素（Barrett上皮的共同特征）可能有助于誤診入侵深度。淋巴管受累的證據(jù)與食管鱗狀細(xì)胞癌淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移風(fēng)險(xiǎn)增加有關(guān)。將這一發(fā)現(xiàn)外推至腺癌表明，淋巴管受累的組織學(xué)證據(jù)可用于癌癥風(fēng)險(xiǎn)的分層。

關(guān)于是否應(yīng)該使用定性或定量指標(biāo)來確定腫瘤浸潤深度存在一些爭議。與通過食管切除術(shù)獲得的全厚度標(biāo)本不同，內(nèi)窺鏡切除的組織可能不包括整個(gè)粘膜下層的樣本，并且標(biāo)本本身受到收縮和拉伸的偽影。粘膜下層（sm）可以定性地分為三層 - sm1，sm2和sm3，其中sm1指示“淺表”的粘膜下侵入。食管淺表粘膜下層的定量經(jīng)驗(yàn)截止值為200μm。無論是使用定量還是定性方法，都應(yīng)以某種方式評估粘膜下層浸潤的深度。一項(xiàng)研究表明95％的患者完全緩解Barrett食管（n具有低風(fēng)險(xiǎn)粘膜下腺癌病變（sm1，中度至高度分化，無血管侵犯，I型或II型內(nèi)鏡病變），經(jīng)內(nèi)鏡切除術(shù)治療，有或沒有額外的消融治療。然而，內(nèi)鏡下切除食管腺癌并伴有淺表粘膜下浸潤的經(jīng)驗(yàn)是有限的，內(nèi)鏡治療這些病變的作用尚未確定。