內窺鏡消融治療可分為組織獲取和非組織獲取方法。組織獲取方法包括局灶性EMR，通過EMR完全根除Barrett食管和內窺鏡粘膜下剝離。非組織獲取方法包括光動力療法，射頻消融和冷凍療法。Barrett食管和高度不典型增生或粘膜內癌患者的可見病變應采用組織獲取方式治療，以便病變可以適當分期和切除。在去除所有局部瘤形成區域并適當分期后，可以通過消融消除Barrett上皮的其余部分以治療異時或同步病變。

治療的成功可以通過在組織獲取方式的情況下完全緩解癌癥的證據來衡量，或者對于所有消融方式的發育不良或Barrett食管的緩解。在內窺鏡手術期間或之后出現并發癥，在監視內窺鏡檢查中存在埋藏的腸上皮化生和進展為癌癥是特別令人關注的問題。隨著對這些手術的經驗增加，對5年生存率的評估將提供使用內窺鏡消融療法治療食管腺癌及其前體病變的長期結果的改進測量。一些中心開始報告接受內鏡治療的患者的5年生存率，如EMR和光動力療法;可能需要進行大于5年隨訪的大型研究來評估這些內鏡方法如何影響癌癥的發展。

這個領域中無數的新興技術令人興奮，但這些技術具有不同的潛在臨床應用和可用性。治療Barrett食管和高度不典型增生患者的最佳方法不再涉及常規食管切除術。具有不同內窺鏡模式和患者特定因素（如年齡，偏好和合并癥的存在）的本地專業知識應指導個人是否接受強化監測或食管切除術或接受內鏡治療的決策。Barrett食管伴發育異常的治療方法應該是慎重的，并且有可用的資源來提供適當的檢查和管理。鑒于檢測瘤形成所需的嚴格檢查，組織獲取技術的需求，以及在消融治療后監測患者反應的需要，此時這些內窺鏡模式最好由具有多種診斷和治療的中心提供。可用的方式和臨床研究的背景。