慢性鈣化性胰腺炎總是與酒精中毒有關。最早的發現是在胰管中沉淀出蛋白質物質，形成蛋白質栓塞，隨后鈣化。導管和小葉最初以隨機方式參與，并且它們被正常的實質組織包圍。然而，隨著疾病的進展，這些正常區域變得更加分散。胰腺導管上皮在蛋白質栓塞部位經歷萎縮，增生和化生。許多小胰腺小管擴張，而其他小的纖維化則消失。

由于交替的狹窄和擴張，主胰管顯示出湖鏈外觀。在大約50％的慢性鈣化性胰腺炎患者中，胰腺實質包含不同大小的囊腫（幾毫米至5厘米）。這些囊腫由立方形上皮排列并含有胰酶。胰周纖維化通常是涉及門靜脈和/或脾靜脈的晚期發現。胰周纖維化導致腹膜后淋巴管狹窄或閉塞。腹水可能使1-2％患者的門靜脈高壓或淋巴阻塞導致慢性鈣化性胰腺炎并發癥。