膀胱鏡檢查可能會有些不適，但通常不會很痛苦。

對于柔性膀胱鏡檢查，使用  局部麻醉凝膠使尿道麻木。當插入膀胱鏡時，這將減少任何不適。

硬性膀胱鏡檢查是在  全身麻醉（在您睡覺的地方）或脊椎麻醉（使您的下半身麻木）下進行的，因此在進行操作時不會有任何疼痛。

膀胱鏡檢查后撒尿時有一些不適是正常的，但是這種情況會在幾天后消失。