射頻消融使用基于氣囊的導管，例如Halo 360系統（B?RRXMedicalInc.，Sunnyvale，CA）使用的導管，其向食道襯里提供高能脈沖。在食道的多個水平處順序充氣的充氣裝置用于確定患者最安全的氣囊尺寸。然后通過使用內窺鏡上的軟帽的刮擦運動來移除如圖2a所示的消融組織。隨后，上述圓周球囊裝置補充有聚焦射頻消融裝置，即來自B?RRXMedicalinc。的Halo 90系統，以治療Barrett食管的殘留區域通過使用10J / cm 2和12J / cm 2的射頻消融，成功地消融了豬和人上皮細胞而沒有引起粘膜下損傷。消融的深度與所傳遞的能量的密度線性相關。與射頻消融相關的并發癥包括胸痛，粘膜撕裂和狹窄。

消融腸上皮化生（AIM）試驗評估了使用Halo 360系統圓周球囊裝置對Barrett食管患者進行射頻消融的安全性和有效性。70％的患者（n = 48）在治療后12個月完全緩解了非發育不良的Barrett食管。AIM II試驗使用Halo 90系統治療周圍射頻消融術后殘留的Barrett食管。采用這種方法，98％的患者（n = 69）完全緩解，Barrett食管沒有發育異常。在任何患者的監測內窺鏡檢查中均未發現埋藏腺體的證據。

一項美國多中心登記研究調查了142例Barrett食管和高度不典型增生患者，他們接受了射頻消融治療。這些患者中有24人此前接受過EMR。90％的高度異型增生患者實現了高度異型增生的完全緩解，54％的患者完全緩解了腸上皮化生。Shaheen 等人。對127名患者進行了一項隨機對照試驗，以比較射頻消融治療與監測加PPI治療的療效，以及監測加假性加PPI治療的效果。在射頻或假消融術后1年，67％接受射頻消融治療的患者完全緩解了不典型增生，而接受假消融的患者為0％。射頻消融后食管狹窄形成的發生率為6％，低于使用光動力療法報告的發生率。

Gondrie 等人。研究了射頻消融治療Barrett食管的療效，該患者在可見病變的EMR后具有最高病理分期的高度異型增生。在接受逐步圓周和局灶性射頻消融后，100％的患者報告發育不良和腸上皮化生完全緩解。同一研究人員進行的另一項研究檢查了細胞凋亡和增殖的標志物，并評估了10例高級別不典型增生患者的食管組織的邏輯變化，這些患者接受了圓周射頻消融治療。本研究中的所有患者均實現了不典型增生和腸上皮化生的完全緩解，并且在活檢樣本中未發現埋藏腺體的跡象。有趣的是，對活組織檢查樣品的進一步分析揭示了細胞增殖和凋亡標志物的改變，并證明了染色體異常。這些變化的臨床相關性仍不清楚。