患有反流性食管炎的患者具有食道粘膜損傷和炎癥的內窺鏡和/或組織病理學變化。EGD反流性食管炎的典型表現如紅斑，糜爛，潰瘍，消化性狹窄和BE是GERD的診斷，特異性高達95％。然而，患者的反流癥狀至少50％具有正常食管內窺鏡檢查結果（非糜爛性返流病）或簡單GERD。此外，消化不良是一種經常與GERD混淆的診斷。此外，GERD癥狀的嚴重程度與潛在的食管損傷程度無關，支持目前建議在沒有警報特征的情況下對典型GERD癥狀的患者啟動經驗性抗分泌治療。

有幾種分類系統可用于評估糜爛性反流性食管炎和相關不良事件的內鏡嚴重程度。這些分類系統已經在臨床試驗中，主要用于研究流性食管炎的藥物治療的功效。然而，這些系統在臨床實踐中用于記錄疾病嚴重性。目前，最常用的系統是洛杉磯分類和Savary-Miller分類。洛杉磯分類已被證明是可靠的，在專家和缺乏經驗的內窺鏡醫師之間進行測試時具有良好的內部和觀察者一致性。使用該系統時，已證實食管炎的嚴重程度與24小時pH監測確定的食管酸暴露程度相關。

當內窺鏡檢查到食管炎時，應在下列情況下獲得食管粘膜的組織樣本：潛在的免疫功能低下狀態，不規則或深度潰瘍的存在，食管炎的近端分布，食管腫塊或結節的存在，大皰性改變提示食管性尋常型天皰瘡，嗜酸性食管炎（環狀，線狀溝，白斑，脆性粘膜）的明顯變化，食管干燥性淺表的變化，或不規則或惡性出現的食管狹窄。在這些情況下，鑷子組織樣本和/或刷細胞學標本是排除其他診斷所必需的，包括傳染性病因和惡性腫瘤。然而，不建議對胃灼熱患者的食管或胃食管連接處進行常規取樣，并建議進行內鏡檢查。

從歷史上看，GERD和食管炎患者的隨訪EGD保留給癥狀對藥物治療無效的患者，患有嚴重食管炎或食管潰瘍的患者，或需要額外活組織檢查以明確BE或BE相關性發育不良，因為存在糜爛性食管炎可能會損害BE和發育異常的準確組織病理學檢測。的多個試驗已經證明8周質子泵抑制劑（PPI）的治療是足夠的，以實現在由于GERD患者大多糜爛性食管炎粘膜愈合。一旦糜爛性食管炎的愈合，可以BE在這些患者中多達12％來識別。