胃活組織檢查的風險，大多數人經歷很少或沒有副作用。如果一個人在手術后出現任何異常癥狀，應立即告訴醫生。

一個人從采集樣本的地方出血量很少是正常的。此外，內窺鏡可能會損壞小腸，胃或食道，盡管這種情況并不常見。

一個人可能會在手術過程中使用鎮靜劑或止痛藥產生副作用。

對止痛藥的不良反應可能導致以下癥狀：

低血壓

心跳減慢

呼吸困難

喉部痙攣

出汗過多