NOTES的工作方式與使用上內窺鏡或結腸鏡的任何內窺鏡手術相同。迄今為止的大多數研究都采用了經胃途徑，將內窺鏡通過口腔進入胃部，然后穿刺胃壁，并通過球囊擴張初始穿刺或做出更大的切口。通過該孔或切口，內窺鏡進入腹膜腔。

應該注意的是，如果在內窺鏡檢查期間無意中進行，則在胃腸道襯里的任何部分中穿孔被認為是嚴重的并發癥。當我第一次開始探索NOTES程序的可能性時，它需要一個巨大的心理上的飛躍來故意創造這種“并發癥”。但是，隨著研究的完成和經驗的積累，它更容易概念化。此外，隨著頻率的增加，進行內窺鏡粘膜切除并發現穿孔的胃腸病學家通常可以使用內窺鏡施用的夾子非常成功地閉合它。該技術使胃腸病學家膽大妄為，認為在大多數手術中有可能有意識地創建一種安全且技術上可用于治療程序的穿孔。

一旦內窺鏡處于腹膜腔中，可以想象可以執行外科醫生可能對腹腔鏡或通過開放手術進行的任何干預。在霍普金斯大學，我們使用標準內窺鏡進行了外科手術，包括胃十二指腸鏡檢查，輸卵管結扎術和疝修補術。其他研究者已做膽囊切除術或切除膽囊，切除子宮，并切除輸卵管。最終，利用這些技術可以執行什么沒有界限。