IBD的癥狀取決于炎癥的部位和嚴重程度，但可能包括：

腹瀉，當腸道受影響的部分無法吸收水分時發生

潰瘍出血，這可能會導致大便中出現血液（一種稱為便血的情況）

腸梗阻引起的胃痛，絞痛和腹脹

體重減輕和貧血，可能導致兒童身體發育遲緩

克羅恩氏病患者的口中還會出現潰瘍瘡。有時在生殖器部位或肛門周圍也會出現潰瘍和裂痕。

IBD也可能與消化系統之外的問題相關，例如：

眼睛發炎

皮膚疾病

關節炎