TEM可用作直腸息肉的治療手術，不適合結腸鏡切除術。 此外，它可用于選定的直腸癌患者。以下適應癥已建議用各種外科學會，包括結腸的美國社會和直腸外科醫師（ASCRS）：

病變小于3厘米; 然而，Khoury等人的一項研究報告使用TEM治療5-8 cm范圍內的良性直腸病變 

移動病變

息肉樣病變

局限于腸壁的解剖學上可見的病變（T1N0）

病變局限于直腸的腹膜外區域

病變占腸管周長的40％以下; 然而，已報道使用TEM治療巨大圓周直腸腺瘤 

分化良好或中度分化的病變

病變與淋巴血管侵犯無關

還報道了通過TEM管理直腸陰道瘺管和吻合口裂開管理。

TEM已經成為良性腺瘤接受的程序和潛在地可用于直腸的早期癌。

據報道用TEM治療的腺瘤復發率低。 

不建議用TEM明確治療T2或T3直腸病變。

使用透射電鏡作為晚期直腸病變的姑息性手術對于患有共病癥和播散性疾病且不適合進行更徹底的手術的患者也是可接受的。