雖然現有的柔性內窺鏡技術使操作員能夠執行一些NOTES程序，但它仍然有限。最終目標仍然是設計和生產多通道的柔性內窺鏡或NOTES平臺，可以在兩個以上的軸上彎曲，但是一旦達到正確的操作位置也可以穩定，以便執行所需的程序。目前，操作人員使用設計相對較差的手工人體工程學來操縱儀器，這些將需要進一步完善NOTES。

一旦達到，就應該保持一個堅固的平臺，以便允許操作至少兩個器械進行安全的手術切除。然而，儀器和現有附件還不夠堅固，無法用于解剖，收縮和三角測量所需的力。一些機器人儀器存在協同作用，機器人控制將在未來儀器的設計和使用中發揮作用。

儀器的另一個挑戰涉及不良的空間定位。該因素取決于操作者的經驗，被解剖的區域和存在的視覺線索。操作員體驗和培訓對于安全交付NOTES至關重要。沒有進行大量內窺鏡檢查的外科醫生可能不太熟悉腔內內窺鏡觀察，特別是在翻轉期間。同樣，經驗豐富的胃腸病學家可能比腹腔鏡外科醫生更容易發現腹膜內觀察，三角測量或空間定向。