糞便移植（細菌療法）是將糞便從健康供體轉移到胃腸道中以治療復發性艱難梭菌結腸炎。當抗生素殺死消化道中過多的“好”細菌時，糞便移植可以幫助補充細菌平衡。

進行糞便移植作為復發性艱難梭菌結腸炎的治療。艱難梭菌結腸炎是抗生素治療的并發癥，可能與腹瀉，腹部痙攣和有時發燒有關。如果您年滿65歲和/或患有慢性疾病，您可能面臨更嚴重感染的風險。診斷基于檢測生物體的糞便DNA檢測。

如果您被診斷出來，您的醫生將使用專門針對艱難梭菌生物的抗生素治療初始感染。用于治療這種感染的抗生素包括甲硝唑，萬古霉素和非達霉素。在30％接受治療的患者中，感染在完成抗生素療程后的幾天或幾周內就會恢復。您的醫生可能會選擇用另一輪抗生素治療來治療這種首次復發。然而，在那些繼續患有復發性艱難梭菌結腸炎的個體中，糞便移植是一種選擇。最近一項研究發表于2013年的新英格蘭醫學雜志表明糞便移植比口服萬古霉素更有效預防已經復發的艱難梭菌結腸炎患者的進一步復發。

截至2013年，糞便移植目前并非常規用于復發性艱難梭菌結腸炎以外的適應癥。仍需要更多的研究來確定是否應該對其他臨床適應癥進行糞便移植。用于其他臨床適應癥的糞便移植應被視為實驗性的，并且僅作為密切監測您的安全性的研究研究的一部分進行。