內窺鏡碎石術包括超聲波，電動液壓（EHL）和機械裝置，以及各種激光器。這些器械穿過內窺鏡的工作通道，將碎石碎成可萃取的碎片。在碎石術期間使用籃子和抓緊器來固定寶石并去除碎石。

超聲碎石術

最初使用超聲碎石術。這種方式需要剛性內窺鏡，并且通常通過經皮腎入路使用。輸尿管鏡檢查不太有用。

電液壓碎石術

EHL探頭通過2個同軸電極提供能量。點火會產生一個小的高溫火花，將少量的水蒸發成氣泡。氣泡周向膨脹。功率與探頭直徑成正比。EHL碎石術的缺點包括其破壞鄰近組織，產生大片段的可能性，偶爾也不能破碎最硬的結石，包括草酸鈣一水合物。

機械碎石術

氣動機械裝置，例如Lithoclast，是小型內窺鏡風炮，在通過直內窺鏡工作通道時效果最佳。通過可重復使用的不銹鋼探頭，Lithoclast可以通過剛性或半剛性內窺鏡使用。Lithoclast是一種有效且經濟的碎石碎片，對于管理大塊和堅硬的石頭特別有用。它通常用于大型腎結石（經皮）和遠端輸尿管結石（輸尿管鏡檢查）。

激光碎石術

激光碎石術最早是在20世紀80年代后期用脈沖染料激光器商業引入的，脈沖染料激光器使用通過光學石英纖維傳遞的504nm光。這是一種非熱安全激光器，它在光纖尖端和微積分之間產生等離子體，碎石具有光聲效應。小型柔性探針補充了半剛性和柔性輸尿管鏡，可以破壞大多數尿路結石，不包括胱氨酸。然而，這不是固態激光器，它需要經常維護，包括改變香豆素染料。光纖尖端的可用能量與光纖直徑成正比。200-μm纖維允許最大的內窺鏡偏轉但是僅能提供80mJ的能量，這通常不足以破碎草酸鈣一水合物結石。

推進激光技術已經開發出鈥：YAG（釔鋁石榴石）激光器，它是一種使用2150nm波長光的熱激光器。能量通過低水密度石英纖維以脈沖方式傳遞。約翰遜研究了這種激光器的軟組織效應，發現這種激光器在水基介質中的熱效應受限于由于在光纖尖端形成的汽化氣泡。 1995年，Matsuoka等人首次提出了這種波長的內鏡下碎石術臨床系列，并發現它可以安全有效地治療輸尿管結石。與香豆素脈沖染料激光相反，鈥激光碎石產生較小的碎片，其可以部分地在治療期間從收集系統灌注。

這是鈥激光纖維碎片化石頭負荷的內窺鏡圖像。

鈥激光器尖端的可用能量不依賴于光纖的直徑。已經描述了通過用互補內窺鏡改變纖維直徑來提高治療效率的技術。這些技術涉及較大的纖維，增加了剛度，這降低了內窺鏡的靈活性。