切除病變腸后恢復腸道連續性

患病腸的切除在以下設置中進行：

繼發于腸系膜血管疾病，腸梗阻延長，腸套疊或腸扭轉引起的血管損害的腸壞疽

惡性腫瘤

良性病癥，如腸息肉，腸套疊或腸梗阻的蛔蟲感染

感染，如 肺結核并發狹窄或穿孔

創傷性穿孔

大穿孔（創傷）不適合初次閉合

放射性腸炎并發出血，狹窄或穿孔

炎癥性腸病（IBD），  潰瘍性結腸炎  （UC）或 克羅恩病  （CD），當疾病難以進行藥物治療或伴有出血，穿孔，中毒性巨結腸或發育不良/癌等并發癥時

慢性便秘，特發性慢傳輸性便秘或先天性巨結腸癥，當疾病難以進行藥物治療時可進行次全結腸切除術

繞過無法切除的病變腸

不可切除的患病腸道的旁路在以下設置中進行：

局部晚期腫瘤引起管腔阻塞

轉移性疾病引起腸梗阻

一般情況或狀況不佳，可防止大切除

小兒病情

可能需要腸吻合的兒科病癥包括：

先天性異常，如Meckel憩室，腸閉鎖，腸旋轉不良導致壞疽，胎糞性腸梗阻，重復囊腫和先天性巨結腸疾病

炎癥性疾病，如壞死性腸炎，小腸結腸炎，肺結核和腸穿孔

其他情況，如腸套疊，血管發育不良，息肉病和蛔蟲病

作為其他外科手術的一部分，如Kasai門靜脈造口術，膽總管囊腫手術，尿流改道和胰腺腫瘤切除術