虛擬結腸鏡的缺點，在虛擬結腸鏡檢查期間，不可能采集組織樣本（活組織檢查）或切除息肉，因此如果發現異常，必須進行常規的結腸鏡檢查。此外，VC沒有顯示出與傳統結腸鏡檢查一樣多的細節，因此直徑小于2到10毫米的息肉可能不會出現在圖像上。與CT進行另外虛擬結腸鏡檢查使患者暴露于電離輻射，一個毫量級灰色。一些研究已經證明，由于空氣與包含結腸內壁的組織之間的X射線吸收的巨大差異，超低劑量VC在證明腸病方面同樣有效。光學結腸鏡檢查被絕大多數醫學和研究界視為結直腸癌篩查的“ 黃金標準 ”。然而，一些放射科醫生建議VC作為結直腸篩查的首選方法。虛擬結腸鏡檢查受到一些專業人士的青睞，因為它允許完整可視化整個結腸，從而提供更多識別癌前息肉和癌癥的機會，然后迅速進行診斷性活檢或治療性切除這些病變。

MRI結腸成像（MRC）允許類似的可視化而無需輻射暴露。它可以檢測到較大的腺瘤和瘤形成，具有高特異性，但靈敏度低于傳統的結腸鏡檢查。